Package Swiss

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Le package Swiss contient 10 objets et permet de stocker l’ensemble des informations contenues dans une entrée de la banque SwissProt.

  • SwissEntry est l’objet principal
    • spID: identifiant dans SwissProt
    • primaryAccession: numéro d’accession primaire
    • dataClass: data class (Protein, Domain ou Site)
    • moleculeType: molecule type (Genomic-DNA, Genomic_RNA, pre-RNA,..., voir documentation de SwissProt)
    • creationDate: date de création de l’entrée dans SwissProt
    • creationSpRelease: numéro de la plus ancienne release de SwissProt dans laquelle l’entrée est présente
    • lastSeqUpdateDate: date de la dernière mise à jour de la séquence dans SwissProt
    • lastSeqUpdateRel: release correspondante
    • lastAnnUpdateDate: date de la dernière mise à jour des annotations dans SwissProt
    • lastAnnUpdateRel: release correspondante
    • crc64: valeur de contrôle présente dans la SwissProt
    • swissSeq: sequence nucléique ou peptidique présente dans l’entrée SwissProt. Cette séquence peut être différente de la séquence présente dans l’objet SequenceObject (package Sequence) rattaché à cette entrée.
    • description: champ description de l’entrée SwissProt
    • isFragment: TRUE si l’entrée correspond à un fragment, FALSE sinon
  • SwissFeature permet de stocker les features présentes dans l’entrée SwissProt. Chaque SwissEntry peut avoir 0 ou plusieurs features.
    • serial: clef primaire
    • begin et end: début et fin (dans la séquence) de la zone à laquelle correspond le feature
    • description
  • SwissFeatureType: dans la SwissProt, les features sont d’un type déterminé. Cet objet sert à stocker les types. Chaque feature est lié à un et un seul SwissFeatureType.
    • featureType: CARBOHYD, CHAIN, PEPTIDE, PROPEP, VARIANT, VAR_SEQ
    • description: description of the feature type
  • SwissTopic: chaque entrée SwissProt peut être liée à 0 ou plusieurs Topics.
    • serial: clef primaire
    • description: description du topic
  • SwissTopicType: dans la SwissPort, les topics sont d’un type déterminé. Chaque topic est lié à un et un seul topicType.
    • topicType: ALLERGEN, ALTERNATIVE PRODUCTS, etc. Voir la liste complète dans la documentation de SwissProt.
    • description: description du topicType.
  • SwissKeyword: chaque entrée SwissProt peut être liée à 0 ou plusieurs mots-clefs, et chaque mot-clef peut être lié à 0 ou plusieurs entrées.
    • keywordID: identifiant du mot-clef dans SwissProt
    • keyword
    • description
  • AccessionNumbers: numéros d’accessions de l’entrée dans SwissProt autres que l’accession primaire (il s’agit généralement des anciennes accessions de l’entrée).
  • SwissReference: dans notre modèle les références bibliographiques sont stockées dans le package Citation. L’objet SwissReference permet de faire le lien entre l’objet Citation et l’objet SwissEntry, pour lier à une entrée SwissProt les références bibliographiques qui y sont citées.
    • serial: clef primaire
    • refNumber: numéro de la référence tel qu’il apparait dans le fichier SwissProt
    • comment: commentaire dans l’entrée SwissProt
  • Token: dans la SwissProt, une référence bibliographique est généralement citée avec un "token": MEDLINE, PLASMID, SPECIES, STRAIN ou TISSUE. L’objet TOKEN est lié par des relations many-to-many avec l’objet SwissReference.

Enfin, l’objet SwissObject est l’objet parent du package (nécessaire pour la génération automatique du fichier SQL et de l’API).