L’objet principal du package sequence est l’objet SequenceObject. Cet objet possède deux spécialisations: NucleicSequence et PeptidicSequence, qui peuvent être des fragments. Cette structure permet d’utiliser un même objet (SequenceObject) pour représenter des séquences, complètes ou non, peptidiques ou protéiques.

• SequenceObject
  • serial: clef primaire
  • sequence
  • entryDate
  • status
  • comment
  • isComplete: TRUE ou FALSE. Lorsque ce champ vaut "FALSE", il s’agit d’une sous-séquence, définie par start et end, d’un autre SequenceObject, que l’on peut retrouver grace au lien "refSequence". De même, toutes les sous-séquences peuvent être retrouvées en utilisant le lien "subSequences".
  • start
  • end
• NucleicSequence: un objet NucleicSequence peut être lié à 0 ou 1 objet peptidicSequence qui est alors la traduction. NucleicSequence possède également un lien sur lui-même, qui permet de découper une séquence nucléique "mère" en plusieurs sous-séquences nucléiques, par exemple lorsqu’on retire les introns.
  • acidType: RNA ou DNA
• peptidicSequence: un objet peptidicSequence peut être lié à 0 ou plusieurs nucleicSequence, de manière ordonnée. Il s’agit ici de pouvoir représenter à la fois le fait qu’une séquence nucléique peut contenir des introns (la séquence nucléique qui permet de coder la protéine est alors une suite ordonnée de séquences nucléiques) et les phénomènes d’épissage alternatif.
• Encoding: code utilisé pour la traduction
• Position: donne la position d’une séquence nucléique dans un gène (si l’objet position est lié à un objet Gene), dans un matériel codant, par exemple un chrosmosome (si l’objet position est lié à un objet CodingMaterial), dans un fragment de plus grande taille: bac ou cosmide (si l’objet position est lié à un objet SequenceFragment).
• SequenceFragment: il s’agira par exemple d’un bac ou d’un cosmid. Ceci est particulièrement utile pour les séquences issues de séquençages encore en cours, ou de metagénomique.
  • fragmentID: identifiant du fragment
  • fragmentType: bac, cosmid,...
  • length: longueur du fragment
  • comment
• SequenceKeywords: permet d’attacher des mots-clefs à des séquences.

L’objet SequenceProject est l’objet parent du package et est nécessaire pour la génération automatique du fichier SQL et de l’API.