Le package pathway permet de représenter les voies biologiques.

• pathwayEntry est un objet très général, permettant de repertorier les éléments des pathways. Cet objet possède 5 spécialisations: compound, reaction, pathway, KeggGene, KeggEnzyme.
• pathway: voie biologique. Un pathway est lié aux réactions qui interviennent dans le pathway, et à la branche à laquelle il appartient.
• reaction: reaction, généralement enzymatique. Une réaction est liée 0 ou plusieurs enzymes catalysant la réaction, aux produits (lien productComp) et aux substrats (lien substrateComp).
• compound: composé. Cet objet a 2 spécialisations: Macromolecule et smallMolecule. Un compound est lié aux réactions dont il est un substrat (lien isSubstrateIn) et aux réaction dont il est produit (lien isProductIn).
• macromolecule: une macromolécule lorsqu’elle est produit ou substrat d’une réaction (et pas catalyseur). Une macromolécule est liée à O ou plusieurs SequenceObjects (package sequence).
• smallMolecule: petite molécule
• KeggEnzyme: enzyme au sens de KEGG. Enzyme est à prendre ici au sens de fonction enzymatique. Deux enzymes catalysant la même réaction dans deux organismes différents seront ici considérées comme un seul objet. Un KeggEnzyme est lié à un et un seul EcNumber. Un KeggEnzyme est lié à 0 ou plusieurs SequenceObjects. Les noms alternatifs sont stockés dans l’objet Aka. Un KeggEnzyme est lié à 0 ou plusieurs KeggGenes.
• EcNumber: numéros de la classification ENZYME. Le nom officiel est stocké dans l’objet, les noms alternatifs dans l’objet Aka.
• KeggGene: gène dans la banque Kegg. Les noms alternatifs sont stockés dans l’objet Aka. Un KeggGene est lié à 0 ou 1 organisme.
• Aka: noms alternatifs pour les KeggGenes, KeggEnzymes et EcNumbers.

L’objet PathwayObject est l’objet parent du package et est nécessaire pour la génération automatique du fichier SQL et de l’API.