Le package Organism contient 4 objets:

• Organism
• Coding material: matériel codant. Il peut s’agir d’un chromosome, d’ADN mitochondrial, d’un bac, un cosmide, etc... Un CodingMaterial est lié à un et un seul organisme.
• Gene: un gène est lié à un et un seul CodingMaterial
• GeneProduct: produit d’un gène. Un GeneProduct est lié à un et un seul gène, mais plusieurs GeneProducts peuvent être liés au même gène.