Le package Ontology sert à représenter des ontologies d’annotation et à les relier entre elles. L’ontology GO a été représentée de manière différente car elle est la plus complète, et doit, de notre point de vue, servir de référence.

• Ontology: une ontologie
• Term: un terme . Un terme est lié à une et une seule ontologie. Cet objet possède 3 spécialisations: OntologyTerm, GoTerm et Aggregate. Un terme est lié à 0 ou 1 DatabaseEntry.
• GoTerm: un terme de GO
• OntologyTerm: un terme d’une autre ontologie
• Aggregate: la réunion de plusieurs termes d’une même ontologie. Cet objet est utile pour réaliser le mapping entre deux ontologies, car dans ce cas, plusieurs termes différents d’une ontologie peuvent être équivalents à un seul terme d’une seconde ontologie.
• Relation: relation entre deux termes. Les deux termes sont ordonnés (liens relatesAsFirst et relatesAsSecond), et la nature de la relation (équivalence, appartenance, ...) est donnée par l’objet lié RelationType. Cette relation peut être utilisée à des fins de mapping entre deux ontologies, ou pour décrire la hiérarchie d’une ontologie.
• RelationType: type de relation

L’objet OntologyObject est l’objet parent du package et est nécessaire pour la génération automatique du fichier SQL et de l’API.