Le package motif sert à représenter les motifs détectés dans les séquences étudiées, et à les relier à des motifs issus de banques de données. La banque de motifs InterPro a été individualisée car elle est pour nous prépondérante.

• Motif: un motif. Cet objet possède 3 spécialisations: InterproMotif, DataBaseMotif, UserMotif.
• InterproMotif: un motif Interpro
• DataBaseMotif: un motif d’une autre base de données
• UserMotif: un motif défini par l’utilisateur. Cette classe est alors liée avec la personne qui a créé le motif.
• MotifInSequence: le motif dans la séquence étudiée. Cet objet est lié à l’objet ValuedFeatureResult (package Action), c’est le résultat de la recherche de motif; et à l’objet SequenceObject (lien detectedSequence) qui sert à stocker la séquence précise détectée.