Ce package permet de représenter les homologies entre deux séquences ou dans une famille de séquences, et de stocker les alignements, par paire ou multiples.

• Family: une famille de séquences. Un objet Family est lié aux SequenceObject qui la compose (lien member). Une famille peut être liée à 0 ou plusieurs paires. Une famille peut être liée à une DataBaseEntry.
• MultipleAlignement: alignement multiple. Si il s’agit d’un alignement automatique, cet objet est seulement lié à un objet MultiAlignResult (package Action). Si c’est un alignement manuel, il est également lié à un objet ManualMultiAlign.
• ManualMultiAlign: alignement multiple manuel. Cet objet est lié à la personne qui a réalisé l’alignement, à 0 ou 1 DataBasseEntry, par exemple si l’alignement a été fait à partir d’un alignement provenant d’une base de données.
• Pair: une paire de séquences. Une paire peut être liée à 0 ou plusieurs familles. Une paire peut être liée à une DataBaseEntry. Une paire est liée à deux SequenceObject, qui représentent les deux séquences de la paire (lien members).
• PairAlignment: alignement de deux protéines. Une alignement est lié à un objet PairHomologyResult (package Action). Si c’est un alignement manuel, il est lié à un objet ManualPairAlignment.
• ManualPairAlignment: alignement de paire manuel. Cet objet est lié à la personne qui a réalisé l’alignement, à 0 ou 1 DataBasseEntry, par exemple si l’alignement a été fait à partir d’un alignement provenant d’une base de données.

L’objet HomologyObject est l’objet parent du package et est nécessaire pour la génération automatique du fichier SQL et de l’API.