Le package Action permet de représenter les actions réalisées sur une ou un ensemble de séquences, et de stocker les résultats obtenus.

• Action : une action est définie comme l’utilisation d’une méthode (package Method). Un objet Action est lié à un et un seul objet Method. Une action est également liée à :
  • 0 ou plusieurs objets File, ce qui permet de lier, soit des fichiers utilisés lors de l’action (les fichiers d’entrée ou des fichiers annaexes).
  • 0 ou plusieurs QuerySequence
  • 0 ou une SubjectSequence
  • 0 ou plusieurs SequenceObjects, dans le cas ou on ne peut pas discriminer entre QuerySequence et SubjectSequence.
• ActionResult : objet générique permettant de représenter un résultat pour une action. Un ActionResult est lié à une et une seule action, mais une action peut être liée à plusieurs résultats. Un ActionResult est également lié à un et un seul objet MethodResult qui décrit un type de résultat pour une méthode. L’objet ActionResult possède 4 spécialisations :
  • FloatValueResult : le résultat est un nombre
  • PairHomologyResult : le résultat est un alignement de deux séquences. Cet objet peut être lié à un objet PairAlignment (package Homology).
  • MultiAlignResult : le résultat est un alignement multiple. Cet objet peut être lié à un objet MultipleAlignment (package Homology).
  • FeatureResult : le résultat est une caractéristique, par exemple le fait que la séquence étudiée possède des segments transmembranaires. Si la caratéristique porte sur une partie de la séquence (par exemple la séquence identifiée comme étant un segment transmembranaire) l’objet FeatureResult peut être lié à un objet SequenceObject (lien FeaturedSubSequence). Cet objet possède 2 spécialisations :
    • TransMemb : segments transmembranaires
    • ValuedFeatureResult : si la caractéritique est chiffrée, par exempl dans le cas de la recherche de motif, la détection du motif est accompagnée d’un score. L’objet ValuedFeatureResult peut être lié à un objet MotifInSequence (package Motif).