Le modèle de données est constitué de 14 packages qui peuvent être répartis en 3 ensembles.
Le groupe de packages Rafale-séquence contient tous les packages se rapportant directement à la séquence de l’objet étudié.
L’élément central de ce groupe est le package "Sequence" qui contient les objets permettant de décrire précisement l’objet étudié (séquence protéique ou nucléique).
Le package séquence "importe" le package "Organism" (c’est-à-dire utilise les objets de ce package), qui contient les données relatives aux organismes.
Le package est importé par:
le package "Swiss" qui contient les données provenant de la banque SwissProt.
le package "Motif" qui contient les objets permettant de définir des motifs dans une séquence (nucléique ou protéique) et de les lier aux motifs présents dans différentes bases de données.
le package "Homology" qui permet de stocker des informations relatives à l’homologie de l’objet étudié avec d’autres séquences, y compris les alignements et les données qui permettent d’établir l’homologie.
le package "Pathway" qui permet de stocker les informations relatives aux voies biologiques, en particulier en provenance de la base de données KEGG.
Le package Swiss importe:
le package "Organism"
le package "Citation" qui permet de stocker des références bibliographiques.
Le package "Citation" importe:
le package "People" qui contient les données relatives aux personnes (dans le cas présent aux auteurs des articles stockés).
le package "File" qui permet de stocker des fichiers.
L’objet central de ce groupe est le package "Action" qui permet de représenter les actions réalisées, soit par un annotateur, soit de manière automatique par un serveur. Une action est définie ici comme l’utilisation d’une méthode, représentée dans le package "Method". Le package action importe également :
le package File
le package Sequence
Le package action est importé par :
le package Motif
le package Homology
le package Annotation qui permet de stocker de manière unifiée les différents types d’annotation.
Le package Annotation importe:
le package People
le package Pathway
le package Ontology qui permet de stocker des ontologies et de les relier entre elles.
le package Sequence
Le package Databases permet de garder l’information concernant la provenance d’une donnée issue d’une base. Ce package est importé par tous les packages contenant ou utilisant des informations provenant de bases de données externes:
le package Swiss
le package Citation
le package Homolgy
le package Motif
le package Ontology
le package Pathway